A partir do momento em que os "Alunos da Academia Ninja" se tornam Gennins, passam a realizar as chamadas Missões. As missões ninjas são pedidos e serviços encomendados por outras vilas que por não terem como executar os serviços, contratam outras vilas. Estes serviços variam entre a simples limpeza de um determinado lugar, ou a captura de um certo animal, como até mesmo a captura ou o eliminação de um shinobi de alto nível.
As missões são divididas de acordo com o ranking ninja. E os ninjas geralmente recebem dinheiro executando estas missões (está ai a resposta para aqueles que achavam que os ninjas sobreviviam de vento). Além disso, as missões são a maior fonte de arrecadação de renda para uma vila e, de acordo com o nível de cada missão, maior será custo. Veja a classificação das missões:

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Citação: [Regra das Missões] >Regra 1: Só se pode fazer uma Missão de cada vez, e essa regra vale para todos sem excessão. >>Regra 2: A quantidade máxima de Shinobis permitidos numa missão é de 3, sem contar com a participação do Sensei do Time. >>>Regra 3: Enquanto estiver realizando uma missão, você NÃO poderá escrever em nenhuma área ON, apenas em áreas OFF. >>>>Regra 4: Se estiver em uma Missão de Grupo, e um dos Membros não postar dentro de 24 horas, sua vez será pulada e o próximo da lista de posts deverá postar. >>>>>Regra 5: Nas Missões, não existem Auto-Hits, caso cometa uma ação que entre na categoria de Auto-Hits, essa ação será cancelada. Caso faça um God-Mode durante a missão, ele desmaiará e a missão será cancelada, e caso queira refazer a mesma missão cancelada, deverá falar com o Kage de sua vila. >>>>>>Regra 6: Após o termino de uma missão, pessa a um ADM para analiza-la e caso esteja tudo correto, ela será aceita e ganhará Ryons dependendo do Rank da Missão. Citação: [Pontos das Missões] A cada Rank de Missão, o Shinobi ganha Pontos, para futuramente trocar por Pontos de Atributos. Individual: Rank S - 25 Pontos Rank A - 21 Pontos Rank B - 16 Pontos Rank C - 11 Pontos Rank D - 7 Pontos Equipe: Rank S - 27 Pontos Rank A - 23 Pontos Rank B - 18 Pontos Rank C - 13 Pontos Rank D - 9 Pontos A cada 100 Pontos ganhos você troca por 1 Ponto de Atributo a sua escolha. Citação: Nível S: Missões que envolvem vários Países. Geralmente as missões de Nível S estão relacionadas com as guerras que ocorrem, tendo de ir para outros países ajudar nas lutas. Outras missões que podem ser classificadas como nível S, é o transporte de documentos e artefatos de importância imensuráveis, quando alguém de muita importância é assassinado, ou quando alguma pessoa de gigantesca importância necessita de escolta. Ex.: Na 6ª Temporada do anime, Jiraya, Uzuamki Naruto e Haruno Sakura, são enviados a uma missão de investigação na vila oculta do som, à procura de informações sobre Orochimaru e Uchiha Sasuke. Missões de investigação sobre ninjas do nível de Orochimaru são consideradas missões de altíssimo risco, ou seja, missões de Nível S. (ocorre entre os episódios 136 e 141). Custo: Acima de 2.000 ryons, o valor é de acordo com a missão. Nível A: Missões atribuídas a jounnins ou até mesmo ao kage da vila. Todas as missões de Nível A apresentam dificuldades muito altas, na qual geralmente envolvem captura de ninjas foragidos, escolta de pessoas muito importantes e a eliminação de ninjas de alto nível. Ex.: Logo na primeira temporada, o time 7 de Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura, percebem que a missão que supostamente seria de Nível C se transforma numa missão de Nível A. Estão na escolta de Tezuna ao país das ondas, quando Zabuza, um shinobi de nível Jounnin aparece para executar Tezuna à comando de Gatou. Por fim a missão é completada com sucesso, os Shinobis de Konoha retornam a vila e Zabuza acaba morrendo junto de Haku, um jovem shinobi que acompanha Zabuza (ocorre entre os episódios 06 e 19). Custo: de 1.500 à 2.000 ryons, o valor é de acordo com a missão. Nível B: Missões atribuídas a chuunins ou jounnin. O nível de dificuldade destas missões é alto e sempre envolvem combate com outros ninjas de níveis médio/baixo, missões de espionagem e assassinato de ninjas. Ex.: Na temporada Filler do anime, Uzumaki Naruto, Aburame Shino, Yamanaka Ino e a Jounnin Mitarashi Anko, vão a uma ilha a procura de informações sobre Orochimaru, e obviamente Uchiha Sasuke, que por fim, acabam voltando para Konoha sem muitas informações (Tudo ocorre entre os episódios 169 e 173). Custo: de 1.000 à 1.500 ryou, o valor é de acordo com a missão. Nível C: Missões atribuídas a gennins ou chuunins, a maioria das missões são realizadas neste nível. Dificuldade média. Geralmente missões em que se acompanham pessoas importantes para o destino delas, estas missões ajudam muito no desenvolvimento e percepção dos ninjas. Ex.: Logo na primeira temporada do anime, Sarutobi, convoca o time 7 de Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura juntos com Hatake Kakashi, à uma missão com a finalidade de acompanhar e proteger um construtor de pontes, com o nome Tezuna, até seu pais natal, o Pais das Ondas. Mais no desenrolar da historia, a missão acaba se transformando em uma missão Nível A (ocorre entre os episódios 06 e 19).A maioria das missões de Nível C ocorrem na temporada Filler de Naruto. Custo: de 500 à 1.000 ryons, o valor é de acordo com à missão. Nível D: Missões atribuídas a gennins que acabaram de se formar na Academia. Nível de dificuldade mínimo, servem apenas para adaptar o ninja às missões, assim recebendo outras melhores no futuro. Geralmente são missões para resgatar animais, limpar canteiros, recolher lixos e etc. É valido lembrar que nenhuma missão de Nível D tem batalhas, no máximo exercícios corporais. Ex.: Logo na primeira temporada ocorrem missões de Nível D, quando Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke e Haruno Sakura, acabam de se formar como Gennins, a primeira delas, é a missão de captura à um gato perdido na mata. Em outra ocasião também aparece o time dos gennins despoluindo um rio de Konoha (ocorre no epsódio 06). Custo: de 100 à 500 ryons, o valor é de acordo com a missão.